Em 1987, durante os trabalhos de implantação do Parque, foi redescoberta a presença de uma pequena população remanescente de baleias jubarte e sugeriu-se a importância de Abrolhos como principal “berçário” da espécie no Oceano Atlântico Sul Ocidental. Assim nascia o Projeto Baleia Jubarte, com a finalidade de promover a proteção e pesquisa destes mamíferos no Brasil. Caravelas passou, assim, de importante porto baleeiro no Brasil Colônia a sede da primeira base de um projeto de conservação de jubartes no país.
Em 1988 foram realizados os primeiros cruzeiros para fotografar as baleias jubarte, e as primeiras tentativas de estudar os animais a partir de uma estação em terra no arquipélago dos Abrolhos.
O Projeto foi posteriormente, em 1996, transformado em Instituto Baleia Jubarte, organização não-governamental que possui como missão “conservar as baleias jubarte e outros cetáceos do Brasil, contribuindo para harmonizar a atividade humana com a preservação do patrimônio natural para o benefício dos cidadãos de hoje e das futuras gerações.”
A criação da segunda base do Instituto Baleia Jubarte na Praia do Forte, no litoral norte da Bahia, ocorreu em 2001, a partir da necessidade de monitorar os cada vez mais freqüentes registros da espécie na região, como conseqüência da reocupação desta antiga área de ocorrência histórica da espécie. A implantação da nova base possibilitou a realização de cruzeiros de pesquisa no litoral norte, ampliando assim a área de estudo. A Praia do Forte, no litoral norte da Bahia, tem se tornado a cada dia mais um local de referência para o ecoturismo e conservação ambiental no estado: dotada de beleza ímpar, é o principal destino turístico do litoral norte baiano e sede de projetos importantes de conservação marinha. Devido aos hábitos costeiros da espécie e ao estreitamento da plataforma continental no litoral norte da Bahia, as observações ocorrem próximo da costa, e o turismo de observação de baleias fomentado pelo IBJ como ferramenta de sensibilização da opinião pública contra a caça destes animais tem aumentado a cada ano. O Centro de Pesquisa e Educação Ambiental do Instituto Baleia Jubarte na Praia do Forte constitui um novo espaço de divulgação e conscientização da comunidade e visitantes quanto à existência e importância da conservação das baleias na região.
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